1.進入各工作區域應當按照單一方向進行，即試劑儲存和準備區→標本制備區→擴增區→擴增產物分析區。
2.各區域的設備、清潔用具標記明確，不得混用。
3.各區域的衣服用不同顏色標記，離開各區域時不得將工作服帶出。
4.試驗臺用移動式紫外線燈消毒，高度60-90cm。擴增區延長照射時間，是過夜照射。同時各區域還需安裝懸掛式紫外線燈管。
5.各試驗區盡量避免不必要的走動和進出，減少風險。
6.擴增產物分析區可能會用到某些可致基因突變和有毒物質，應特別注意實驗人員的安全防護。
試劑配制室及樣品處理室宜呈微正壓，以防外界含核酸氣溶膠的空氣進入，造成污染；
可以通過控制進風風量大于排風風量達到正壓效果。
核酸擴增室及產物分析室應呈微負壓，以防含核酸的氣溶膠擴散出去污染試劑與樣品，可以通過控制排風風量大于進風風量達到負壓效果。
在理想情況下，PCR實驗室緩沖間內，可設置正壓，使室內空氣不流向室外，室外空氣不流向室內。
PCR實驗室進風由原有中央空調控制，要求將中央空調風口安裝到，且高度為地面鋪裝好后2600mm處。
如果使用熒光PCR儀，擴增室和產物分析室可以合并。
若房間進深允許，可設PCR內部走廊。需要指出的是在減少室內外空氣交換方面，緩沖間比走廊更有意義。
各個區域之間應具備單向的實驗工藝流、物流、與氣流，形成單向流程的保護屏障，避免實驗之間的相互干擾，防止核酸氣溶膠對實驗過程造成污染產生假性結果。
實驗室的墻體，包括頂棚，應結構牢固、氣密性好；所有陰角宜采用圓弧形線條過渡；墻體內壁光潔、不吸附、耐腐蝕、易清洗消毒；地面材料應滿足無縫隙、無滲漏、光潔、耐腐蝕的要求。
無菌室是企業存放無菌產品或道具的地方，不同行業有不同的使用方法，不同位置存放不同的器材或道具。如醫院的儀器、器械、平皿、紗布、手術器具等與傷口接觸的任何東西都是存放在無菌室。無菌室應保持清潔，備有工作濃度的消毒液，70%的酒精，0.1%的新潔爾滅溶液等，而且嚴禁堆放雜物，以防污染。
無菌室空氣凈化工程是屬于生物凈化工程的一種，一般無菌室要求的潔凈度為萬級，標準的微生物檢測實驗室都會專門開辟5~8個平方出來建造無菌室，可以用板材和玻璃建造，面積不宜過大，約4~5平方米即可，高2.5米左右。無菌室只要夠放置實驗室樣品及必需的設備即可，面積無需過大而造成浪費，面積過大對于做無菌室空氣凈化工程來說不僅僅是提高建造成本而已，日后的運行及維護費用也會高的令人驚訝。
無菌室外要設一個緩沖間，緩沖間的門和無菌室的門不要朝向同一方向，以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉。室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。一般微生物檢測按照實驗室行業要求都需要在無菌室中進行，很多食品菌、微生物等都是在超凈工作臺中完成檢測和化驗的。
隨著科技的進步，社會對飲食，健康等問題看得十分重視，無菌室的要求也越來越嚴格。國家為了保障人民的安全問題，無菌室在不斷的普及。因此無菌室空氣凈化將在凈化工程領域扮演著越來越重要的角色。
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